北港溪由北港的地名而來，起源於阿里山山脈西麓林內鄉七星嶺，上游是虎尾溪，從虎尾平和厝以下稱為北港溪，由雲林縣口湖鄉湖口村入海，其中流經雲林縣斗六市、斗南鎮、虎尾鎮、土庫鎮、大埤鎮、北港鎮、口湖鄉、水林鄉、古坑鄉、元長鄉、莿桐鄉、林內鄉及嘉義縣大林鎮、溪口鄉、新港鄉、六腳鄉、東石鄉、梅山鄉、民雄鄉等區。河川全長 82 公里，流域面積 645.2 平方公里，平均比降為 1/159 ，主要支流為虎尾溪、大湖口溪、石龜溪、三疊溪及石牛溪。